مشاهده باکتری ها زیر میکروسکوپ اهداف مختلفی دارند که عبارتند از : شناسایی، تشخیص،طبقه بندی و مشاهده شکل باکتری ها 

به طور کلی مشاهده باکتری ها به دو صورت ممکن است ۱- زنده  ۲- رنگ آمیزی شده